Рассмотрим стандартный шаблон для версии 2.1 pro
В общем случае для того , чтобы вывести список категорий
в левую или правую сторону необходимо выполнить следующее.
Отметим что выводятся только категории разделов - а не
полностью вместе с подкатегориями ( иначе меню разделов)
растянется слишком длинно.

в index.php

перед

if(!file_exists($gDirSmarty->template_dir.$render))
{$render = "index.tpl";}
$gDirSmarty->display($render, $cache_id);

вставляем

$top_categories =$Category->getAllByParent(0, 0, FALSE);
$gDirSmarty->assign_by_ref('top_categories', $top_categories);

Теперь в header.tpl выбранного шаблона

перед

{if $news && $config.news}
{include file="box-header.tpl" caption=$lang.news style="column"}

вставляем

{if $category.id neq “”}
{include file=”box-header.tpl” caption=”Main Categories” style=”column”}
{foreach from=$top_categories item=top_category}
<р class="top-category"><а href="{$config.base}{$config.dir}{$top_category.path}/" mce_href="{$config.base}{$config.dir}{$top_category.path}/">{$top_category.title}<а/></р>
{/foreach}
{include file=”box-footer.tpl”}
{/if}

Если вы собираетесь выводить меню разделов в правую сторону, то скорее всего потребуется добавление кода не в header.tpl а в footer.tpl т.к. он отвечает за правую сторону и низ в основном в шаблонах.